فرودگاه بین المللی کوتا کینابالو در شهر کوتا کینابالو و مرکز ایالت صباح مالزی، واقع شده است. این فرودگاه در قسمت جنوب غربی شهر و در فاصله ی حدود هشت کیلومتری از مرکز شهر قرار دارد.